L’histoire se déroula dix ans auparavant. Les cinq plus grands pays ninjas étaient en conflit, et des escarmouches visant les villages eurent lieu autour des frontières de chaque pays. C’était « La Troisième Guerre Mondiale Secrète ». Konoha manquait de puissance militaire.
On retrouve donc par la suite l’équipe de Kakashi, accompagné de son Sensei Yondaime, et de ses coéquipiers Obito, Rin. Kakashi devait être promu Jounin. En cadeau, Yondaime lui offrit donc un
Kunai spécial. Rin lui offrit une trousse de soin personnelle spéciale et Obito n’avait rien préparé. Une nouvelle mission leur était confiée : détruire le pont à la frontière du Pays de la Roche (pont de Kanabi) et d’ensuite se retirer rapidement. Ce pont permettait à leurs ennemis de s’approvisionner en équipement. Kakashi prit les commandes de la mission et Yondaime était là pour l’épauler. Dès leur chemin, ils croisèrent un ninja ennemi muni de ses clones réels. Kakashi testa alors son chidori. Yondaime l’en empêcha et reprit les commandes. Mais Kakashi étant devenu incontrôlable, partit au front. Il fut blessé, mais aurait pu être tué : Yondaime était intervenu juste à temps.
A la tombée de la nuit, Obito partit voir son Sensei. Il en avait assez que Kakashi le considère comme un moins que rien, et chercha donc du réconfort. Grâce à Yondaime, on a ensuite pu en savoir beaucoup plus sur l’enfance de Kakashi. En effet, c’est le fils du génie Hatake Sakumo connu comme le croc blanc de Konoha. Son père était respecté comme un Sannin légendaire. Mais il est arrivé un incident, son père fut déshonoré et s’est suicidé. Il y a cinq ans, il menait une mission secrète, se faufilant dans les lignes ennemies. Il a du faire un choix, le succès de la mission ou la vie de
ses compagnons. Bien sûr, les règles du village étaient strictes, la mission était prioritaire, mais il a abandonné la mission pour sauver la vie de ses compagnons. Mais à cause de cela, le pays du feu a subi de grosses pertes, et tout le monde vint à le blâmer. A la fin, il fut même déshonoré par les compagnons qu’il sauva. Après cette mission, il devint faible de corps et d’esprit. Sakumo mit fin à ses jours… Après ça, Kakashi ne parla plus jamais de son père. Et il se borna à suivre les règles et les lois.
Le lendemain, le groupe se sépara en deux. Yondaime quitta ses élèves pour remplir une autre mission de son côté. Ainsi c’était Kakashi le chef. En cours de route, deux ninjas de la roche réussirent à enlever Rin et prirent la fuite. Kakashi voulut continuer la mission à deux et abandonner sa coéquipière. Mais Obito ne l’entendit pas de cette oreille, et il partit chercher Rin. Ainsi leurs chemins se séparèrent. Le temps passa, et Obito réussit finalement à retrouver ses ennemis. C’est là que Kakashi intervint : il venait de sauver Obito grâce à l’épée de chakra blanc de son père : un des deux ninjas se trouvait dans son dos. Mais l’ennemi n’en avait pas fini et était capable d’utiliser des techniques de dissimulation : Kakashi se fit trancher au niveau de l’œil gauche. Dans un excès de colère, Obito réussit à activer son Sharingan et prit sa revanche envers l’ennemi. Puis ils rejoignirent Rin dans la grotte où elle était tenue prisonnière. Ils devaient maintenant s’occuper de l’autre ninja ennemi. Après l’avoir libérée de l‘emprise d’un Genjutsu, le ninja de la roche utilisa un jutsu, faisant écrouler les roches de la grotte. Kakashi s’étant pris une roche dans son angle mort, Obito le sauva. Mais ce dernier fut écrasé à moitié par une lourde roche, sa partie droite de son corps fut broyée. Il ne lui restait pas beaucoup de temps à vivre. Il fit donc un dernier cadeau pour Kakashi, son Sharingan. Rin, avec ses jutsus médicaux spéciaux, retira donc le Sharingan d’Obito et l’implanta dans l’œil gauche de Kakashi. L’opération terminée rapidement, Kakashi se vengea de son ami. Mais des renforts du côté ennemi arrivèrent. Kakashi prit son vrai rôle de chef, il avait promis à Obito de protéger Rin, alors il lui ordonna de s’enfuir et de le laisser s’occuper du reste, ce qu’il fit. Mais pris de fatigue, Kakashi s’évanouit et Rin lança le Kunai donné par Yondaime à Kakashi. Ce Kunai alerta alors leur Sensei, et il vint à la rescousse et les battit tous.